Hint-atac结果解读

Author: sqxc

August undefined, 2024

Webb1. 异常结果警告如果数据中存在异常，在网页的头部会给黄色的警告框，如下所示点击 Details, 可以看到详细的信息，上图显示RNA reads的Q30比例太低，理想情况是大于65%，而实际的数据只有64.4%。 2. 细胞和基因数目的评估对样本中的细胞和表达的基因个数评估，同时还给出了barcode, index, umi, RNA reads不同序列的Q30，示意如下其中： … Webb1 apr. 2024 · 主要内容：这篇文章考虑到ATAC-seq实验的人工误差提出了第一个转录因子足迹的分析方法——HINT-ATAC，使用位置依赖模型探究转座酶的裂解偏好，观察到 …

GitHub - maxsonBraunLab/hint-atac-old: find …

WebbHINT-ATAC is part of the Regulatory Genomics Toolbox, and some of its modules need to be locally installed before running the pipeline. Here is the configuration page . Be extra … Webb7 maj 2024 · ATAC揭示了转录因子结合位置与核小体的距离利用转录因子的chip_seq数据，分析了ATAC数据中各个转录因子与核小体不同距离内序列的分布情况，结果如下热图的每一行代表一个转录因子，通过聚类分为了4大类别，第一类距离核小体最远，为strongly nucleosome avoidting;第二类和CTCF类似，在核小体的边界附近，第四类在核小体邻近 … scandinavian design lounge chair

FastQC结果解读_fsqca结果解读_我是菜鸟www的博客-CSDN博客

Webb一、翻译机制的探索 1. 关注正在翻译的基因中，哪些处于高效翻译，调控参与翻译效率的原件有哪些； 2. 解释双解码的发生机制，哪些基因可以发生双解码，具有哪些结构特征； 3. 探究非常规的现象。二、可以深化转录组分析 1. 关注差异表达的基因中，究竟有哪些正在翻译，且翻译效率如何； 2. 缩小差异基因的范围，只关注正在翻译的基因； 3. 若差异 … Webb24 juli 2024 · Hello, We have a transcription factor WT and knock-out ATAC-seq, I performed rgt-hint tracks --raw and --bc. I want to see the difference between raw and bc tracks because I found the two bc tracks (WT vs KO) look alike. See the screensh... Webb22 sep. 2024 · 一.fastqc介绍. 拿到原始数据后我们首先采用fastqc程序进行质控，看原始数据质量情况，fastqc会生成一个html结果报告，根据图形化界面，我们可以判断下机数 … scandinavian design l shaped desk

如何提取ATAC-seq数据的差异peaks?（DiffBind包的使用） - 简书

HINT-ATAC进行ATAC-seq的footprint分析 - 知乎

Webb10 maj 2024 · ATAC-seq，全称Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing，是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. … Webb3 feb. 2024 · The HINT-ATAC track is footprints detected by HINT-ATAC, while the RUNX1 motif track is the footprints matching RUNX1 motif from JASPAR database. The K562 ChIP-seq track is the RUNX1 ChIP-seq from ENCODE, indicating the footprint detection can recapitulate the real TF binding. The right box illustrates the shift-extend … rubi thomasWebb24 apr. 2024 · 分析流程 1. 第一步：加载包+准备数据集 (这里的scRNA.data加载后的scRNA是我自己的seurat对象) #加载包，清空 library(Seurat) library(tidyverse) library(ggplot2) library(infercnv) library(ComplexHeatmap) library(ggpubr) rm(list=ls()) #加载数据 load("scRNA.Rdata") # 随机提取2000个细胞演示这里可以不比学，我是想跑一 … scandinavian design recycling storage

"Webb5 jan. 2024 · HINT-ATAC文章代码复现 - 蒟蒻、 - 博客园. 你好！. 欢迎来到本站！. 这里是我的个人博客，主要存放我的学习记录、生活随笔和其他的一些乱七八糟的东西。. " - Hint-atac结果解读

Hint-atac结果解读

Webb1 juni 2024 · scATAC的实验过程分为以下几步： 1. 把目标组织样本解离成多个单细胞 2. 分散好的单细胞用10X的仪器处理，变成许多细胞、凝胶微珠和酶的混合液滴。这些微滴是油包水的乳浊液。 3. 带了DNA接头的转座酶和染色质中的DNA进行接触，染色质中缠绕的比较松的地方，DNA会裸露出来，裸露的DNA就容易和转座酶发生转座反应。凝胶微珠 … Webb首先基于单细胞表达谱，计算每一个基因在每种细胞类型中的均值并进行标准化为Z-score，然后从校正的相关性矩阵中选取与细胞类型A丰度相关性排序前13的基因，分别在其他细胞类型中计算这13个基因z-score的均值作为富集得分。 6．构建细胞类型交互网络：若富集得分大于1.96的话则认为细胞类型A与该细胞类型共出现，这两种细胞类型间存在 …

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WebbATAC-seq (Assays for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) 是一种较新的全基因组范畴染色质开放区域的一种研究手段。比较之前的研究方法，ATAC-seq具 … WebbHINT-ATAC is part of the Regulatory Genomics Toolbox, and some of its modules need to be locally installed before running the pipeline. Here is the configuration page. Be extra thorough in this step because a lot of subtle things can be missed in this step, which will affect downstream work.

Webbbasic ATAC-seq pipline and principle. Contribute to outcastaaa/ATAC development by creating an account on GitHub. WebbHINT-ATAC可以利用JASPAR，UNIPROBE或者HOCOMOCO数据库里的motifs寻找motif结合位点。同时，该步骤将结合之前步骤中生成的两个bed文件进行计算。 rgt …

Webb10 feb. 2024 · fastqc的标准是占全部reads的0.1%以上。. 和上面的duplicate analysis一样，为了计算方便，只取了fq数据的前200,000条reads进行统计，所以有可能over … 接下来，我们使用HINT生成在特定TF结合位点周围的平均ATAC-seq profile。这个分析使得我们检查每个特定TF的染色质可接近性。此外，通过比较两个ATAC-seq文件(cDC1细胞和pDC … Visa mer 真核生物基因表达是一个复杂而有序的过程，它是众多反式作用因子和顺式作用元件之间相互作用的结果。反式作用因子是指能直接或间接识别和结合 … Visa mer 参考官网步骤：http://www.regulatory-genomics.org/rgt/rgt-data-folder/，这个软件支持的基因组文件有：hg19, hg38, mm9, mm10, zv9, … Visa mer 在本文开头提到的综述里有一个表，列出了目前所有可以进行footprinting分析的软件：在这个表里的倒数第二列，标出了这些软件是否可以用来分 … Visa mer NOTE：从这一步你需要注意的是，如果你用的是linux系统，你先需要保证上面提到的rgtdata这个文件夹放在home目录里。因为这个软件是高度依赖python的，我的conda是安装在了home里。如果你的rgtdata这个文件夹没 … Visa mer

Webb1 jan. 2024 · 结果如下：这里添加了两个新列。第一个显示了每个样本的比对的reads的总数 (“完整”文库大小)。第二个是标记的FRiP，它代表在峰的Fraction of Reads。这是共识峰集中与这个样品里某一重叠的峰所占reads的比例，可以用来表示总体上哪个样品富集程度更高。这时可以画个PCA plot: > dba.plotPCA (DBA_object, …

Webb17 juli 2024 · HINT-ATAC uses a probabilistic framework based on Variable-order Markov models to learn the complex sequence cleavage preferences of the transposase enzyme. Moreover, we observed specific strand specific cleavage patterns around the binding sites of transcription factors, which are determined by local nucleosome architecture. scandinavian design office chairsWebb16 apr. 2024 · fastqc_multiqc结果解读. 1. 前言. 在得到了测序结果之后，我们需要评估一下测序的质量，因此我们需要对测序的数据进行统计评价，这里采用的软件组合就 … scandinavian design living room photosWebb12 dec. 2024 · 利用HOMER预测目标序列的motif（从运行程序到结果解读，以及注意事项）. 关于查找motif，目前有很多种软件可以进行预测。. 我所在的实验室通常使 … scandinavian designs coffee tableWebb在差异表法分析时预过滤一些基因或细胞可提高DE测试的速度. 为了提高差异表达分析的速度，特别是对于那些较大的数据集，Seurat允许在进行差异表达分析时对基因或细胞进 … rub it in my faceWebbHINT ( H mm-based I de N tification of T ranscription factor footprints) is a framework that uses open chromatin data to identify the active transcription factor binding sites. rubi tile cutter speed 62 plus 13975http://epigenomicstutorial-ismb2024.readthedocs.io/en/latest/Practical2.html scandinavian design outlet boiseWebb12 okt. 2024 · 作者认为HINT-ATAC是进行足迹分析的最佳软件，因为它具有ATAC-seq特异性的偏好校正。核小体定位核小体由组蛋白八聚体和大约147bpDNA组成，通过改 … scandinavian design recliner chairs